新三板擴容雖然只是地域上的擴展，即從中關村試點發展到全國其他符合條件的高新技術園區，但是擴容意味著將逐步容納全國其他高新技術區非上市企業掛牌，實現全國聯網運行、統一監管。這將會使整個新三板交易規則及運行方式等而臨很大的挑戰。

　　一、地域差異性將如何統籌

　　目前，我國共有88家國家級高新技術園區，分布在中國的大江南北，各個不同地區之間的經濟發展水平，科技研究水平，各園區之間的管理水平和支持力度都不一樣。如果新三板擴容到全國的其他高新技術園區，面對這些明顯的地域差異，我們以統一的標準衡量，就會出現這樣的現象:一些園區將會有很多符合標準的企業，而一些園區卻很少。(文章來自贏家財富網http://m.hywhcm.com)然而，新三板將來會成為全國統一場外交易市場的重要組成部分，這就決定了新三板在擴容的情況下，也必須實行統一的掛牌標準，而不會考慮到地區差異。這種矛盾，將怎么解決和安排呢?

　　二、新三板與各地股權交易市場的定位

　　2008年，天津先后設立兩家獨立的股權交易所，即天津股權交易所和天津濱海國際股權交易所。天津股權交易所采用由做市商雙向報價、集合競價和協商定價并存的聯合定價機制。天交所目前掛牌企業161家，比新三板還多出幾十家，市值達到170億元水平(截至2012年5月31日)，而且，天津的兩個股權交易所在制度創新方面走在了前面，已成為全國性場外股權交易市場體系中不可忽視的一部分。另外，重慶、上海股權交易市場自成立以來，也發展很快，都取得了階段性的成績。

　　新三板擴容后，全國統一監管下的場外市場建設的趨勢已漸明朗，如何處理新三板與各地股權交易所(中心)之間的關系問題凸顯出來。各地股權交易所定位等就需要進行調整，或成為場外市場中區域或地區性層次市場，或成為全國統一市場的有益補充等等，都需要明確定位，以避免這三者之間可能會產生的矛后，從而有機結合共同促進我國場外交易市場健康有序發展。

　　三、擴容與系統滯后之間的協調

　　新三板市場擴容，未來隨著大量的掛牌企業的增加，掛牌公司涉及方方面面的工作機制和工作流程，涉及不同的政府機構和部門。一是新三板現行交易系統是否可以順暢地滿足正常的報價、交易、結算、交割呢?二是擴容后，可能有數倍于中關村科技園的政府機構、部門參與其中，如何協調這些政府部門之間關系，這又是一個現實存在的問題。三是，雖然新三扳使掛牌公司在資金融資、規范管理、形象營銷等方面得到了提升，但是，由于制度不完善，導致其流動性不足，也制約了新三板對企業發展的促進作用。(文章由贏家財富網收集整理http://m.hywhcm.com)

　　另外，目前新三板的報價體系較簡單，整個交易規則和操作系統都面臨更大的挑戰。

　　四、“備案制”或向“注冊制”調整

　　未來新三板發行或將采取“注冊制”，在沿襲目前備案制的基礎上，由地方政府對擬掛牌企業進行審查，主辦券商進行盡職調查和推薦，中國證券業協會實施自律性管理，經由證監會有關部門備案后即可發行，具體的備案機構將由中國證券業協會變更為證監會某個部門，其相應的注冊等工作程序也應進行修訂和明確。

　　五、市場監管與有效推市的結合

　　新三板擴容不僅僅是區域的擴展，掛牌企業數量的增多，各種機構、政府部門等的參與增多，而且還包括掛牌企業募資數量、頻率以及復雜狀況增加，以及引進做市商，降低新三板交易主體和交易數及門檻限制，允許更多的交易主體以更靈活的方式進行新三板股份轉讓交易，等等。在新三板進一步推動市場化發展的同時，無疑要對應如何加強監管的問題。如何在制度與機制上來協調這兩者的關系很重要，也很微妙。

　　六、轉板機制的建設

　　“轉板制度”是企業在不同層次的證券市場間流動的制度，是資本市場體系中各個層次資本市場之間的橋梁，是資本市場中不可或缺的重要環節。目前我國并沒有真正的轉板制度，三板掛牌企業和非三板的企業企業，都需要通過首次公開發行的程序(IPO)才能在場內資本市場的相關板塊上市。這里，只提出業內人士的一點觀點：在轉板機制中應施行存量發行，即不發行新股，也不進行融資，而是將原來在新三板上運行的股本“平移”到創業板或者中小企業板塊上，此辦法將有效防止轉板公司股票在二級市場上高溢價圈錢沖擊證券市場。