國債投資體制在選擇、監督、約束企業經營者方面的弊端。國家是通過其社會行政管理體系來選擇、監督和約束企業經營者。在企業經營者的選擇中，由于政企不分，企業經營者只能作為政府機關的下級或“干部”來選擇，企業家才能不僅不可能是惟一標準，甚至難以成為主要標準。有企業家才能的個人即使被選擇為企業經營者，其報酬也往往缺乏足夠的彈性.不足以反映其企業家才能的市場價格;而它要獲得經營企業所需要的資本，又只能等待國家的行政分配。

　　與此相對照，非國有資本的所有者在選擇企業經營者時，可以把企業家才能作為主要甚至惟一的標準，可以支付有足夠彈性的報酬，也可以允許企業經營者多渠道融資。故在兩種資本為獲得企業家才能而展開的競爭中，國有資本處于明顯的劣勢，有企業家才能的個人趨向于由國有企業流向非國有企業。這種狀況使國有資本的回報率降低，更無力支付企業家才能的市場價格，從而使上述趨勢進一步被強化。

　　在監督約束方面，由于政資不分，監督和約束的主體只能是政府行政機關。強化行政機關的監督和約束，不可避免地會弱化企業經營者的自主權，導致效率損失。為了提高效率，只能把更多的經營自主權放給企業經營者，但這又往往導致監督和約束的弱化，增加了經營者損害所有者的利益的機會。為了強化監督約束，又只能再次強化行政干預。因此，在國家融資體制之內不斷放權、收權的結果，只能是行政干預下的內部人控制。上述這種國家投資體制缺陷必然帶來國債投資效率的損失。

　　國債投資資金運用于國企所產生的道德風險對國債資金投資風險的影響。道德風險指對市場癱護行為會反而削弱市場參與者的自我防范風險的能力，或一定程度上促使市場參與者采取甘冒風險的行為。中國的道德風險具有轉軌時期的特征，由于中國國有企業產權不清，且長期以來，對國有企業提供保護，轉軌過程中企業的權力在擴大，但相應的責任卻沒有增加，企業產權約束較軟，在國家權利的名義下謀取各自利益的同時卻不承擔可能產生的不良后果，把風險轉嫁給國家，其權利結構與風險結構嚴重錯位，由此而產生了道德風險。在國有企業改革不到位的情況下，將國債資金運用于國有企業，這將導致國債資金投資風險的增加。